Nacque nel 1907 a Mayville (N.Y.). Suo padre era pittore e perciò incoraggiò le tendenze artistiche di suo figlio, che invero non si risparmiò nello studio dell'arte e del disegno. Dopo essersi diplomato, Flanders iniziò a lavorare a Buffalo, frequentando al contempo la Allbright Art School.
Nel 1928 si trasferì a New York, dove lavorò come artista indipendente e illustratore di riviste. Approdato nel 1932 al K.F.S. vi fece il suo apprendistato collaborando a varie strips, da “Bringing Up Father” a “Tim Tyler's Luck”, finché nel 1935 ebbe la sua unica opportunità di disegnare un proprio racconto, lo sfortunato “Robin Hood”.
Dal 1935 al 1938 subentrò ad Alex Raymond dopo che questi aveva abbandonato “Secret Agent X-9”. Nel 1936 prese nelle sue mani la domenicale di “King of the Royal Mounted” e nel 1938 ne ereditò da Allen Dean anche la striscia giornaliera. Un anno più tardi Flanders fu assegnato a “The Lone Ranger”, strip creata pochi mesi prima da Ed Kressy su testi di Fran Striker.
Charles Flanders morì il 10 gennaio 1973 a Palma di Maiorca.